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憲法對司法思想也予以了巨大的改良衝擊。譬如，中國一貫都是有罪推定，任何犯罪嫌疑人在不能自證其無罪之前都被當作罪犯看待，但憲法草案就明確規定，今後將實行&ldo;無罪推定&rdo;。任何人未經司法機關證實有罪。一律以無罪看待。譬如，中國一貫信奉的儒家思想極力推崇&ldo;親親得相首匿&rdo;。認為&ldo;父為子隱，子為父隱，直在其中&rdo;，三代以內血親之間和夫妻之間除犯謀反、謀大逆等罪之外，可以相互隱匿犯罪行為，不予指控和作證，更不得向官府告發，但這顯然不符合近代法律思維的需要，憲法予以一併革除。

而憲法創立後，中國一貫堅持的&ldo;刑不上大夫、禮不下庶人&rdo;的陳舊觀念便沒了用處，關於&ldo;議親、議故、議賢、議能、議功、議貴、議勒、議賓&rdo;這法外施恩地&ldo;八議&rdo;也正式廢除，雖然乾隆帝時已經認為八議&ldo;非理且害法&rdo;，但畢竟還是載入了，而且在宗室覺羅的刑罰問題上有所參照實行，這次算是依託乾隆的&ldo;吉言&rdo;正式清理了宗室權貴的特權。

雖然西方各國在制定憲法時都將公民權利義務作為至關重要的內容而載入，但就中國的具體實踐而言，從來都是先國後家，臣民只有服從地義務而沒有享受權利的氛圍。《欽定憲法大綱》中並沒有明確臣民權利義務，只有了個&ldo;留待後議&rdo;的尾巴，但既然制定憲法草案，臣民權利義務便不可不提，否則就是缺失。於是，憲法草案在國家機構後專闢第七章，登載臣民權利義務。

第一百四十一條、臣民中有合於法律命令所定資格者，得為文武官吏及議員。

第一百四十二條、臣民於法律範圍以內，擁有居住、遷徙、通訊、言論、著作、出版、集會、結社、信仰等自由權。

中國自古號稱&ldo;君子不黨&rdo;，歷來朝堂都以&ldo;朋黨&rdo;為名而大興刑獄，但作為近代國家和憲政的基本要求，所有結社、集會、出版等權利都是推進議會政治所必須，不在憲法中加以刊載，非但權利體系不完整，而且使憲政體制在根本上喪失了基礎。

對於信仰自由的權利，中國一直持有比較寬容的態度，無論道教、佛教、伊斯蘭教甚至基督教官方都允許信仰，但自太平天國以來，一方面因洪楊以拜上帝起事為號召，另一方面中外教案頻發，所以官府對信仰基督教者往往給予歧視之目光，憲法載明信仰自由後，雖然不會很快在實際中改變人們對信仰洋教者的異樣目光，但起碼已無法在法律層面上予以追究。

第一百四十三條、臣民之人身、財產、居住等各項權利無故不加侵擾。

第一百四十四條、臣民非按照法律所定，不得加以逮捕、監禁、審訊及處罰，已錯誤加以逮捕、監禁、審訊或處罰的，應立即加以糾正並由國家賠償損失。

第一百四十五條、臣民可依律控告他人及各級政府，但被查實誣告的，需負法律責任。

第一百四十六條、臣民應專受法律所定審判衙門之審判。

對近代國家而言，人身自由與財產保障是社會得以正常運作的兩大根基，但就中國地實踐而言，這兩條均不具備。在人身自由領域，有諸如&ldo;包衣&rdo;一類地法定奴隸，雖然那清末包衣已經在形式上不具有奴隸色彩，但他們的實際地位是一回事，法律地位又是另一回事，林廣宇認為非廢除不可。

又比如財產權，雖然規定私有財產神聖不可侵犯有偏向有產者地嫌疑，但對民眾而言，首先是自己手中的財產要有充分的保障，其次才是財產分配如何實現正義的訴求。

第一百四十七條、臣民有遵守憲法、法律之義務。